SEM扫描电镜从射线管负极传出的直徑20-30μm的电子束，遭受阳阴极中间加快电压的作用，射向物镜，历经聚光镜及目镜的汇聚功效，缩小成直径几毫微米的电子探针。在目镜上端的扫描电磁线圈的功效下，电子探针在样品表面作光栅尺状扫描而且激起出多种多样电子器件数据信号。这种电子器件数据信号被相对的探测器检验，历经变大、变换，变为工作电压数据信号，后被送至显象管的栅极上而且调配显象管的色度。显象管中的电子束在显示屏上也作光栅尺状扫描，而且这类扫描健身运动与样品表面的电子束的扫描健身运动严苛同歩，那样即得到衬度与所接受接收灵敏度相对性应的扫描电子器件像，这类图像体现了样品表面的外貌特点。第二节扫描电镜微生物样品制取技术性大部分微生物样品都带有水份，并且较为绵软，因而在开展扫描电镜观查前，要对样品作相对的解决。扫描电镜样品制取的关键规定是尽量使样品的表面构造储存好，沒有形变和环境污染，样品干躁而且有优良导电率能。

　　散射电子显微镜是用通过样品的电子束使其显像的电子显微镜，在一个高超滤装置中，由射线管发送电子束，越过被科学研究的样品，经电子器件镜片聚焦点变大，在显示屏上表明出高宽比变大的虚像，常见于观查这些用一般光学显微镜所不可以辨别的微小物质结构。

　　电子器件扫描光学显微镜是用电子探针对样品表面扫描使其显像的电子显微镜。运用电子束在样品表面扫描激起二次电子显像的电子显微镜。关键用以科学研究样品表面的外貌与成份。

　　透射电镜与扫描电镜差别简易而言：扫描电镜是观查样品表面的结构类型，透射电镜是观查样品的內部精细结构。